Hacienda ya se interesó por los pagos del Barça a la Fundación Leo Messi (FLM) entre 2010 y 2013 cuando se personó por tercera vez en las oficinas del club catalán (28 de abril de 2016). La duda era si los donativos eran parte del salario de Leo Messi y si, por ente, esos ingresos cumplían con las obligaciones fiscales, puesto que las donaciones se benefician de deducciones fiscales y los salarios de un futbolista no. Y según los documentos de Football Leaks, obtenidos por Der Spiegel y a los que ha tenido acceso EL MUNDO como miembro de la red EIC, muestran que durante esos años el Barcelona le pagó, al menos, 7,5 millones. Jorge Messi, en nombre también de su hijo, aseguró: «Mi hijo y yo cumplimos con nuestras obligaciones fiscales. Cualquier pago realizado por el FCB o por Lionel Messi ha sido gravado según la ley y el criterio de las autoridades españolas».
Según uno de los asesores de la entidad azulgrana, era «altamente previsible» que esa relación entre el club y la Fundación Leo Messi fuera considerada un delito contra Hacienda. Según los documentos de Football Leaks, durante años el Barcelona había considerado esos pagos como aportaciones a una fundación y, en línea con las ventajas fiscales de las donaciones a estas entidades, aplicó una deducción del 35% en el Impuesto de Sociedades y no retuvo el IRPF. Pero si Hacienda acababa estimando los pagos como parte del sueldo de Messi reclamaría las cantidades escatimadas en ambos impuestos. Y podría estimar que ambas partes tuvieron intención de defraudar.
Además, para que una fundación sea suspeptible de ser beneficiada en cuanto a deducciones, debe dedicar al menos el 70% de sus ingresos a fines para los que fue creada. En este caso, la FLM se caracteriza por lagunas de información y gastos sospechosos, como informó ABC: la fundación del argentino gastó cantidades desorbitadas en asesorías externas y alquileres sociales, así como 550.000 euros en «obras de mejora y acondicionamiento de la sede de la fundación», un local en alquiler en la Avenida Diagonal de Barcelona. Además, ha enviado grandes cantidades de dinero a su delegación en Argentina, una entidad hoy independiente de la matriz.
Cuando los agentes de las operaciones se percataron de la situación, los traspasos económicos se hicieron sin deducciones. Es decir, como parte del salario del jugador. Apunta EL MUNDO que «la FLM recibió al menos 12,7 millones del Barcelona y la FFCB entre 2010 y 2016. Y aunque ya en el primer convenio de colaboración, firmado el 17 de noviembre de 2009, se establecía que la fundación debía proporcionar memorias anuales al club, los documentos analizados indican que ese compromiso no se cumplió. Sólo en julio de 2016, cuando la inspección de Hacienda llevaba seis meses abierta, el Barcelona recibió un correo confidencial con las memorias de 2010, 2011 y 2012».