El entrenador almeriense dispondrá de la oportunidad que tanto ha demandado, entrenar al equipo de su tierra. Tras 7 años en el organigrama del club almeriense, Fran Fernánez ha logrado llegar a la cima y entrenar al Almería. Durante varios años fue técnico del futbol base del club y durante los dos años anteriores entrenó al filial rojiblanco con unos excelentes resultados logrando clasificarlo al play-off de ascenso en el primer año y durante la actual lo dejó a las puertas del mismo donde finalmente Esteban Navarro logró clasificarlo.
Durante estos últimos dos años Fran Fernández ha entrenado al primer equipo en varios ocasiones de forma interina hasta que le llegó su ocasión la pasada temporada tras la destitución de Lucas Alcaraz. En la temporada 2016/17 entrenó al primer equipo tras la destitución de Fernando Soriano frente al Lugo y frente al Huesca logrando una victoria frente a los lucenses y un empate ante los oscenses.
En la siguiente temporada volvió a entrenar al primer equipo tras el cese de Luis Miguel Ramis y logró una victoria por 3-0 frente al Zaragoza. Durante la temporada 2017/18 se le confió el banquillo del primer equipo tras la destitución del entrenador granadino Lucas Alcaraz. A falta de 6 partidos el entrenador almeriense tenía la difícil misión de mantener la categoría.
En su estancia al frente del equipo rojiblanco en esta última ocasión ha tenido un bagaje de 2 victorias, 3 empates y una derrota frente al Córdoba. Las victorias llegaron en su primer partido como míster del equipo frente a un rival directo como el Barça B y en el derbi andaluz ante el Granada. En la última jornada cuando el Almería ocupaba la primera posición en las casas de apuestas para ocupar plaza de descenso, consiguió salvarse tras un agónico empate frente al Lugo y tras la derrota de la Cultural Leonesa.
Fran Fernández firma por un año, aunque con opción a otra más. En los próximos días será presentado de manera oficial como nuevo entrenador para la campaña 2018-2019.