Q1
La sesión ha comenzado bajo la lluvia, tras dos minutos de crono ha tenido que atrasarse debido al estado de la pista por la lluvia. Así que se ha pospuesto para esperar que terminase de caer la lluvia y que el asfalto del circuito drenase y poder comenzar de nuevo la Q1.
Una hora y veinte después ha comenzado la Q1, sin Jordi Torres que era baja por la caída del FP4, en la que Alvaro Bautista y Aleix Espargaró ocupaban las dos primeras posiciones pasando así a la Q1.
Q2
La gran cantidad de agua en pista era una de las grandes protagonistas de la sesión, en la cual ninguno de los pilotos podría poner slicks. Marc Marquez terminaba firmando la pole en Sepang, algo que no sucedía desde su brillante año 2014, Zarco por detrás de este y Rossi cerrando la primera parrilla de salida.
Marc firmaba la pole en su segunda vuelta lanzada, que tras ella, en la siguiente vuelta, se iba al suelo en la curva 4, siendo prácticamente imposible salvar la caída en agua. Cuando el reloj a caído a 0, Valentino Rossi ha conseguido la segunda posición, pero no quedaría ahí, ya que tras pasar Zarco la bandera a cuadros le a arrebatado al italiano la posición.
Andrea Iannone abrirá la cuarta posición, seguido de Andrea Dovicioso el cual no ha podido mejorar una quinta posición ya que al intentarlo también ha ido al suelo, por detrás Miller, Petrucci, Rins, Bautista y Dani Pedrosa cerrando el top10.
El resto de españoles se clasifican en las siguientes posiciones: Maverick Viñales 11º, Aleix Espargró 12º y Pol Espargaró 16º, Cerraría la parilla de salida Jordi Torres, pero será baja en el Gran Premio de Malasia.
Marc Marquez no ha tenido rival en esta sesión, pero un corte de gas cuando Andrea Iannone le seguía, le ha costado una sanción en la que mañana partirá desde la séptima posición de carrera, así lo ha decidido dirección de carrera tras el clasificatorio.