Pedro Munitis es desde hoy nuevo entrenador del Club Deportivo Lugo en Primera RFEF. Tras el descenso y la salida de Íñigo Vélez rumbo a la Ponferradina el club se decanta por el ex jugador para buscar el ascenso.
Munitis entrenó al Sabadell en Primera RFEF. Antes, el santanderino se retiró en 2012 en el club de su tierra natal, entonces inició su trayectoria en los banquillos y se estrenó profesionalmente en la temporada 2015-2016 precisamente con el Racing, al que clasificó para jugar la promoción de ascenso, aunque fracasó en el intento en la eliminatoria frente al Cádiz CF.
En octubre de 2017, cogió las riendas de la SD Ponferradina en sustituición de Manolo Herrero. Después de varios meses en el banquillo leonés, presentó la dimisión en marzo de 2017, cuando el equipo marchaba en la sexta posición. En marzo de 2018, tras la destitución de José Miguel Campos al frente del UCAM Murcia CF, se convierte en entrenador hasta el final de la temporada 2017-18.
En abril de 2019, Pedro es destituido como entrenador del UCAM Murcia CF, tras 44 partidos oficiales (42 de liga y 2 de Copa del Rey). Munitis deja al equipo en la quinta plaza en el Grupo IV de Segunda División B, a tres puntos de los puestos de playoff para subir a LaLiga 123.
Entrenó al Club Deportivo Badajoz (2012), sustituyendo al destituido Mehdi Nafti. En la primera ronda del Playoffs, Pedro Munitis y su equipo superaron a uno de los mejores Athletic Bilbao B que se recuerdan. En segunda ronda, a pesar de ir ganando, un remate a la perfección de Rey Manaj hizo que el encuentro se decantase por penaltis, a favor del FC Barcelona B. Tras recibir ofertas por diversos clubes en el verano 2020, decidió quedarse en el club pacense asentando los pilares de la temporada 2020-21.
Tras desencuentros en los fichajes y una presión excesiva de las redes sociales tras los encuentros preparatorios de pretemporada, que pudo con el presidente del club, el santanderino decidió dimitir de su cargo el 10 de octubre de 2020.