Elche CF, Albacete Balompié y CD Mirandés preguntan por la situación de Javi Villar, según Ángel García. Los tres clubes se unen al interés del Real Oviedo en el centrocampista del Real Madrid.
Natural de Murcia, es hermano del también futbolista Gonzalo Villar, es un centrocampista formado en las categorías inferiores de la Asociación Deportiva Azarbe entre 2010 y 2014, también pasaría por el UCAM Murcia CF hasta 2018, fecha en la que ingresaría en las categorías inferiores del Real Murcia CF, donde permanecería una temporada.
En julio de 2019, ingresa en la cantera del FC Barcelona para incorporarse al juvenil «B». Debido a que el Barça no tenía fichas disponibles para inscribirle, abandona el club blaugrana y dos meses después firma por el Elche CF para jugar en su equipo juvenil.
Tras dos temporadas en el conjunto ilicitano, el 7 de julio de 2021 ingresa en La Fábrica para incorporarse al juvenil «A» del Real Madrid Club de Fútbol.
El 21 de mayo de 2022, hizo su debut con el Real Madrid Castilla Club de Fútbol de la Primera Federación en un encuentro frente al Algeciras CF.
En la temporada 2022-23, formaría parte del Real Madrid Castilla Club de Fútbol en la Primera Federación.
El 26 de julio de 2023, firma por el Unionistas de Salamanca de la Primera Federación, cedido por el Real Madrid Castilla Club de Fútbol.