Chico Flores ficha por el CF Fuenlabrada por la próxima temporada con opción a otra más. El futbolista gaditano de 32 años llega al Fuenla libre tras jugar hasta febrero en el Rubin Kazán ruso.
Comenzó su carrera en el Cádiz CF. En la temporada 2007-08 fue cedido al Portuense, pero el Barcelona, que lo estaba siguiendo muy de cerca, logró su cesión en el mercado de invierno, siendo clave en el ascenso de su filial a Segunda B.
En 2008 ficha por la UD Almería. En la temporada 2009/10 se hizo famoso porque en un partido Barcelona-Almería marcó durante los 90 minutos de juego al centrocampista del FC Barcelona Xavi Hernández. Aunque consiguiera su objetivo, aquello no dio demasiado resultado, puesto que el Almería perdió 1-0 en el Camp Nou.
En julio de 2010 ficha por el Génova a cambio de 5.500.000 euros, a pesar de ser jugador clave para el Almería. Durante la temporada 2011/12 jugó cedido en el RCD Mallorca. El 10 de julio de 2012 se oficializó su fichaje por el Swansea City a cambio de 2.400.000 euros.
El 28 de septiembre de 2017 se oficializó su fichaje por el Granada CF. En el conjunto nazarí solo estuvo una temporada ya que al año siguiente se marchó al FC Rubin Kazán. En febrero de 2019 rescindió su contrato con el conjunto ruso de mutuo acuerdo.